4 сентября 1999 года на базе реорганизованной Объединенной дирекции заповедников был создан Государственный природный заповедник «Хакасский» (Хакасия).

Сегодня он включает в себя 9 отдельных участков, каждый из которых обладает уникальными природными условиями: участок​ «Озеро​ Шира»​ (площадь 1 397 га); участок​ «Озеро​ Иткуль»​ (площадь 5 547 га); участок​ «Озеро Белё»​ (площадь 5 301 га); участок​ «Оглахты»​ (площадь 2 913 га); участок​ «Камызякская степь с озером​ Улуг-Коль» (площадь 4789 га); участок​ «Хол-Богаз»​ (площадь 2 499 га); участок​ «Подзаплоты»​ (площадь 5 262 га); участок​ ​ «Малый Абакан»​ (площадь 97 829 га); участок​ ​ «Заимка Лыковых»​ (площадь 142 441 га).

Общая площадь заповедника — 267,9 тыс. га.

С 2011 года под управлением заповедника, охраной и изучением находится государственный природный заказник федерального значения "Позарым имени В. М. Зимина".

В заповедники, как поясняют в пресс-службе, работают 94 сотрудника. Среди них - руководители отделов, государственные инспекторы, научные сотрудники, специалисты по экологическому просвещению и по развитию туризма, бухгалтеры, сотрудники отдела обеспечения, водители и обслуживающий персонал.

Кроме этого, заповедник «Хакасский» -​ это три эколого-экскурсионных комплекса, два музея-природы, более десяти маршрутов и экологических троп.